全自动梯度PCR仪在PCR扩增时加入的引物是利用同位素、荧光素等进行标记，使用引物和荧光探针同时与模板特异性结合扩增。扩增的结果通过荧光信号采集系统实时采集信号连接输送到计算机分析处理系统，得出量化的实时结果输出。可以检测多荧光的标记和目的基因表达产物，因为一次只能检测一种目的基因的扩增量，需多次扩增才能检测完不同的目的基因片段的量。多通道利于做多重PCR，实现一次检测多种目的基因的功能。

　　全自动梯度PCR仪是一种在实验室使用频率及使用时间非常高的仪器，因此故障率也是比较高的。PCR仪的故障主要有以下几类：

　　1、制冷半导体故障

　　制冷半导体是PCR仪的核心部件，PCR仪用的制冷半导体都是工业级PCR仪专用的半导体片，主要是能耐大的温度变化。但这些制冷半导体的生产都是半手工的，也没有很好的办法来检测其耐用性。总之是有一定的故障率的。

　　制冷半导体的耐温度变化次数是与其材料及生产技术相关的。如陶瓷片切块、非硬性焊接等技术。好的制冷半导体生产商会提供温度变化次数实验数据。其性能随温度变化次数会下降。有的PCR仪具有温度变化次数计数的功能。

　　2、温度传感器故障

　　PCR仪用的温度传感器是大致有三类，即热电阻型、热电偶型和半导体型，热电阻型、热电偶型用得多，故障率较低，而半导体型的因为内含电路，在PCR仪中使用时故障率较高（当然它有其他的优点）。有的PCR仪会报传感器故障，其实传感器、与传感器相关的线路以及传感器信号处理电路的故障都有可能。

　　3、控制板故障

　　控制板是PCR仪的指挥中心，其比较容易受到外部因素的影响而出现故障，如灰尘过多引起控制板温度过高、湿度过大引起电路短路、串扰（从电源线来）及电磁幅射（无线）的干扰等。