迷你梯度PCR仪的梯度温度控制是一项可有助于PCR中引物退火优化的功能。 梯度设定的目的是在模块之间实现变化的温度，通过每列之间≥2°C的间隔温度升降，使得可同时对于一系列的温度进行测试以获取引物退火温度。该技术的一种形式便是设计带有三个或更多分割金属模块的PCR仪，每一模块都具有独立的加热和冷却元件。 相比于梯度模块，该模块设计可带来活设置三种或更多不同温度的能力，以便使得每个独立的区域都能进行更好的温度控制，特别是在优化过程中。

　　独立金属模块的绝热性阻止了模块之间的热交换。 这就可实现更为准确的模块温度控制，确保模块之间实现线性的温度变化。

　　迷你梯度PCR仪分析方法：

　　·凝胶电泳分析：PCR产物电泳，EB溴乙锭染色紫外仪下观察，初步判断产物的特异性。PCR产物片段的大小应与预计的一致，特别是多重PCR，应用多对引物，其产物片断都应符合预评的大小，这是起码条件。

　　·琼脂糖凝胶电泳：通常应用1~2%的琼脂糖凝胶，供检测用。

　　·聚丙烯酰胺凝胶电泳：6~10%聚丙烯酰胺凝胶电泳分离效果比琼脂糖好，条带比较集中，可用于科研及检测分析。

　　·酶切分析：根据PCR产物中限制性内切酶的位点，用相应的酶切、电泳分离后，获得符合理论的片段，此法既能进行产物的鉴定，又能对靶基因分型，还能进行变异性研究。

　　·分子杂交：分子杂交是检测PCR产物特异性的有力证据，也是检测PCR产物碱基突变的有效方法。