一次性PCR扩增可以设置一系列不同的退火温度条件（通常12种温度梯度）的称之为梯度PCR仪。通过设置一系列的梯度退火温度进行扩增，从而一次性PCR扩增就可以筛选出表达量高的适合退火温度进行有效的扩增。主要用于研究未知DNA退火温度的扩增，这样既节约时间，也节约经费。

　　三槽梯度PCR仪你真的了解吗?

　　加热模块：上孔与孔之间的温度一致性对于获取可靠而可重复的PCR结果也是至关重要的。确保热准确性的一种方法就是经常使用温度验证试剂盒进行检测，温度验证检测通常可用于：

　　在等温模式下相对于设定温度的孔间准确性；

　　在温度转换后相对于设定温度的孔间准确性；

　　热盖温度的准确性。

　　引物退火温度控制：

　　梯度温度控制是PCR仪一项有助于PCR中引物退火优化的功能。梯度设定的目的是在模块之间实现变化的温度，通过每列之间≥2°C的温度升降，可同时对于不同温度进行测试以获取引物退火温度。理论上，梯度可在模块之间实现线性的温度。

　　然而，传统梯度PCR仪通常采用单一的热模块并通过位于两端的两个加热及冷却元件进行温度的控制，经常会导致以下限制：

　　仅能设置两个温度：在热模块的两端设置成引物退火的高、低温度，无法在模块间实现其他温度的准确设置。由于不同列之间的热交换，模块上不同区域间的温度更可能遵循的是S形的曲线变化而非线性梯度。

　　三槽梯度PCR仪对于样品温度控制的能力对于PCR结果的准确性十分重要。仪器特异性的参数如升降温速度，维持时间以及算法对于预测样品温度是关键。升降温速度意味着在一定时间内发生的PCR步骤之间的温度变化。由于热量从模块传输至样品需要一定的时间，样品实际的升降温速度会较慢。因此，对于变温速度的定义需要进行区分和了解。