1.双杂交探针：就是在两条寡核苷酸杂交探针上分别标记荧光供体基团和荧光受体基团，两基团的激发光光谱有一定程度的重叠。对两条探针的要求是，其与靶核酸的杂交位置应相互邻近。当两条探针与靶基因同时杂交时，两个荧光基团靠得很近，其间的距离在1~10 nm(通常为1~5个碱基)，依据FRET原理，在供体基团一定波长的激发光作用下，发生能量传递，从而激发受体基团发射另一种荧光，荧光强度和PCR反应中DNA合成量成正比。

2.染料法：SYBR Green I是一种比较常见的荧光染料，可以非特异的结合双链DNA小沟，它可以嵌合进DNA双链，但不结合单链。当SYBR Green I在溶液面未结合双链DNA时，仅产生很少的荧光，当它结合双链DNA时，就发射出很强的荧光信号。

3.TaqMan探针：TaqMan探针是一个与模板特异性结合的荧光探针，它的 5'端标记有荧光报告基团(Reporter, R)，3'端标记有荧光淬灭基团(Quencher, Q)。当探针完整的时候，荧光基团和淬灭基团距离很近，使得荧光基团发射的荧光被淬灭。