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【qPCR】荧光定量PCR的熔解曲线,你了解多少?

更新时间:2025-04-15      点击次数:1199



熔解曲线探针法是一种利用特异性探针结合到目标DNA序列上的技术,通过监测探针与目标DNA结合状态的温度依赖性变化,来识别和定量特定的DNA或RNA序列。

这种方法的关键在于探针与目标序列匹配时,其熔解温度(Tm值)较高;而存在单核苷酸多态性(SNPs)或其他变异时,Tm值会下降。通过比较不同样本的熔解曲线,可以精确地识别序列差异。

一、基本原理

熔解曲线探针法的原理

在实时荧光定量PCR(qPCR)实验中,当双链DNA受热时,其互补碱基之间的氢键逐渐断裂,导致双链分离成两条单链,这一过程被称为DNA的“熔解"。随着温度的升高,DNA的荧光强度会发生变化,通过监测这种变化,可以绘制出DNA的熔解曲线。探针法熔解曲线分析利用特异性探针结合到目标DNA序列上,通过对探针与目标DNA结合状态的温度依赖性检测,来识别和定量特定的DNA或RNA序列。


二、关键技术

01荧光探针

TaqMan探针:基于水解作用释放荧光,用于实时定量PCR。

分子信标:茎环结构结合目标后荧光恢复,特异性高。

蝎形探针:整合引物与探针功能,可多靶点检测。

双杂交探针:依赖荧光共振能量转移(FRET)实现信号检测。

构成:探针通常由三部分组成

(1)荧光基团:如FAM、VIC等,用于发射荧光信号。

(2)淬灭基团:如TAMRA、BHQ等,用于淬灭荧光信号。

(3)特异性序列:与目标DNA序列互补结合。

作用机制:探针与目标序列结合时,荧光基团与淬灭基团分离,释放荧光信号;当探针与目标序列解离时,荧光信号减弱或消失。


02PCR扩增

引物设计:设计特异性引物,确保目标序列的高效扩增。

探针加入:在PCR反应体系中加入荧光探针,实时监测荧光信号的变化。


03熔解曲线分析

温度梯度:PCR完成后,逐步升温(通常从60°C升至95°C),使DNA双链和探针-目标复合物解离。

荧光监测:实时监测荧光信号的变化,记录荧光强度随温度的变化曲线。


Tm值:探针与目标序列的解离温度(Tm)取决于序列的匹配程度,匹配与错配的Tm值不同。


三、技术流程

探针设计:设计特异性探针,确保其与目标序列匹配。

PCR扩增:将探针、引物、模板DNA和荧光染料加入反应体系,进行PCR扩增。

熔解曲线分析:PCR完成后,逐步升温,实时监测荧光信号的变化。

数据分析:根据熔解曲线的峰值(Tm值)判断目标序列的特性。


四、技术特点

特异性高:探针法熔解曲线分析利用特异性探针结合到目标DNA序列上,通过监测探针与目标DNA结合状态的温度依赖性变化,能够精确识别和定量特定的DNA或RNA序列。当探针与目标序列匹配时,熔解温度(Tm值)较高;如果存在单核苷酸多态性(SNPs)或其他变异,Tm值会下降,从而可以精确识别序列差异。

灵敏度高:探针法熔解曲线技术能够检测到非常低的DNA浓度变化,适用于微量样本的检测。通过监测荧光信号的变化,可以实现对目标序列的灵敏检测。

操作简便:相比其他分子生物学技术,探针法熔解曲线技术的操作相对简便。实验者只需在PCR反应结束后进行DNA双链产物升温解链反应,监测荧光信号的变化即可绘制出熔解曲线。

应用广泛:该技术广泛应用于基因分型、SNP检测、病原体鉴定等领域。通过比较不同样本的熔解曲线,可以精确地识别出序列差异,为遗传学研究和临床诊断提供重要依据。

峰型倒置现象:在探针法熔解曲线中,有时会出现峰型倒置现象,即在某个温度点后荧光信号反而增强。这种现象可能是由于探针解离动力学、非特异性产物、引物二聚体、探针设计问题或荧光染料特性等因素引起的。虽然这种现象可能指示实验中的非特异性事件,但也可以通过合理设计和优化实验条件来避免或解释这种现象。


五、应用领域


基因分型:用于检测SNP、插入/缺失等遗传变异。

突变检测:识别点突变、基因重排等。

病原体鉴定:快速检测病毒、细菌等病原体的特异性序列。

肿瘤标志物检测:用于肿瘤相关基因突变的筛查。

药物基因组学:研究药物代谢相关基因的多态性。



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